Menjelang akhir pemerintahannya, Presiden Franklin Pierce dapat mengatakan bahawa Kansas telah tenang, tetapi, di luar harapan, Demokrat tidak bersedia untuk mengundinya kembali menjadi calon presiden. Beliau pulang ke New Hampshire untuk membuka semula pejabat undang-undangnya.

Pada tahun 1861, Perang Saudara meletus, Pierce berdiri di belakang pentadbiran Presiden Lincoln, tetapi dari masa ke masa beliau semakin kuat mengkritik Presiden.

Akhirnya sikapnya yang menantang terhadap kerajaan era perang saudara membuatnya kurang diingini, sehingga di negeri asalnya di New Hampshire.

Pada 1869, Franklin Pierce meninggal dunia, hampir sebagai orang yang terasing.